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Hoy la Universidad de Guanajuato es una de las universidades públicas estatales con el mayor número de posgrados reconocidos por su calidad; 21 de ellos se encuentran reconocidos por el Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC) que coordinan el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT) y la Secretaría de Educación Pública (SEP). El PNPC tiene dos vertientes: 1) Padrón Nacional de Posgrados (PNP) y, 2) Fomento a la Calidad de Posgrado.

La Universidad de Guanajuato tiene 17 posgrados en el PNP, 3 de los cuales tienen la categoría de Competentes a Nivel Internacional: el Doctorado en Ciencias (Química) el Doctorado en Física y la Maestría en Física. En la categoría de posgrados consolidados la Universidad tiene 14 programas.

En la vertiente de Fomento a la Calidad del Posgrado se encuentran cuatro posgrados de la Universidad, tres en la categoría de reciente creación y uno más en la categoría de posgrado en desarrollo.

Por otra parte, hay dos posgrados que recientemente han obtenido un reconocimiento a su calidad por parte de los Comités Interinstitucionales para la Evaluación de la Educación Superior (CIEES).

De esta manera, el 43 por ciento de los posgrados de la Universidad de Guanajuato están reconocidos por su calidad por organismos acreditadores de carácter nacional.