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La Unidad Académica de Ecología Marina enfoca sus estudios de manera primordial a los componentes bióticos del entorno marino desde una perspectiva preferentemente interactiva e interdisciplinaria. Está integrada por grupos que investigan la biodiversidad de diversos entidades taxonómicas como las actinobacterias (previamente conocidas como actinomicetos), las esponjas, los poliquetos, los crustáceos, los peces y los mamíferos marinos, así como la encontrada en asociaciones marinas como el fitoplancton y el ictioplancton. Se han integrado a la Unidad igualmente grupos cuyo objetivo es el aprovechamiento racional de los recursos pesqueros a través del estudio de la dinámica y de la genética de las poblaciones explotadas y de la evaluación de su abundancia por medio de la acústica oceanográfica. Por su afinidad con los sistemas marinos, se han incorporado asimismo dos grupos abocados a estudios ecológicos de aguas continentales.

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