La Universidad Iberoamericana asume el proyecto educativo de la Compañía de Jesús, y tiene como misión contribuir en un ambiente de participación responsable, apertura, libertad, respeto y crítica propositiva al desarrollo y la difusión del conocimiento, y a la formación de profesionales e investigadores con calidad humana y académica, que se comprometan en el servicio a los demás para el logro de una sociedad más libre, productiva, justa y solidaria.

La Universidad Iberoamericana considera como principios básicos de su actividad, los siguientes:

La libertad de conciencia de todos sus miembros
La constante y sincera apertura al diálogo con todas las corrientes ideológicas
La libertad académica de enseñanza e investigación, sin más límites que las normas supremas de la Moral y el Derecho conforme a un concepto cristiano del ser humano
La autonomía real de las funciones universitarias, sin dependencia ni sujeción a intereses económicos o políticos extrauniversitarios
El sentido profundo y operante de justicia social que tiende al desarrollo integral de las comunidades humanas, en especial de los sectores menos favorecidos.